BAMy@HD VN:1.6 SO:coordinate @SQ SN:chr1 LN:59578282 @SQ SN:chr10 LN:45420867 @SQ SN:chr11 LN:45484837 @SQ SN:chr12 LN:49182954 @SQ SN:chr13 LN:52186027 @SQ SN:chr14 LN:52660232 @SQ SN:chr15 LN:48040578 @SQ SN:chr16 LN:55266484 @SQ SN:chr17 LN:53461100 @SQ SN:chr18 LN:51023478 @SQ SN:chr19 LN:48449771 @SQ SN:chr2 LN:59640629 @SQ SN:chr20 LN:55201332 @SQ SN:chr21 LN:45934066 @SQ SN:chr22 LN:39133080 @SQ SN:chr23 LN:46223584 @SQ SN:chr24 LN:42172926 @SQ SN:chr25 LN:37502051 @SQ SN:chr3 LN:62628489 @SQ SN:chr4 LN:78093715 @SQ SN:chr5 LN:72500376 @SQ SN:chr6 LN:60270059 @SQ SN:chr7 LN:74282399 @SQ SN:chr8 LN:54304671 @SQ SN:chr9 LN:56459846 @SQ SN:chrM LN:16596 @SQ SN:ERCC-00002 LN:1045 @SQ SN:ERCC-00003 LN:1007 @SQ SN:ERCC-00004 LN:507 @SQ SN:ERCC-00009 LN:968 @SQ SN:ERCC-00012 LN:978 @SQ SN:ERCC-00013 LN:792 @SQ SN:ERCC-00014 LN:1957 @SQ SN:ERCC-00016 LN:834 @SQ SN:ERCC-00017 LN:1121 @SQ SN:ERCC-00019 LN:627 @SQ SN:ERCC-00022 LN:735 @SQ SN:ERCC-00024 LN:519 @SQ SN:ERCC-00025 LN:1978 @SQ SN:ERCC-00028 LN:1120 @SQ SN:ERCC-00031 LN:1122 @SQ SN:ERCC-00033 LN:2014 @SQ SN:ERCC-00034 LN:1003 @SQ SN:ERCC-00035 LN:1114 @SQ SN:ERCC-00039 LN:724 @SQ SN:ERCC-00040 LN:728 @SQ SN:ERCC-00041 LN:1121 @SQ SN:ERCC-00042 LN:1007 @SQ SN:ERCC-00043 LN:1007 @SQ SN:ERCC-00044 LN:1149 @SQ SN:ERCC-00046 LN:506 @SQ SN:ERCC-00048 LN:976 @SQ SN:ERCC-00051 LN:258 @SQ SN:ERCC-00053 LN:1007 @SQ SN:ERCC-00054 LN:256 @SQ SN:ERCC-00057 LN:1014 @SQ SN:ERCC-00058 LN:1120 @SQ SN:ERCC-00059 LN:509 @SQ SN:ERCC-00060 LN:506 @SQ SN:ERCC-00061 LN:1120 @SQ SN:ERCC-00062 LN:1007 @SQ SN:ERCC-00067 LN:628 @SQ SN:ERCC-00069 LN:1121 @SQ SN:ERCC-00071 LN:626 @SQ SN:ERCC-00073 LN:587 @SQ SN:ERCC-00074 LN:506 @SQ SN:ERCC-00075 LN:1007 @SQ SN:ERCC-00076 LN:626 @SQ SN:ERCC-00077 LN:258 @SQ SN:ERCC-00078 LN:977 @SQ SN:ERCC-00079 LN:628 @SQ SN:ERCC-00081 LN:517 @SQ SN:ERCC-00083 LN:1013 @SQ SN:ERCC-00084 LN:978 @SQ SN:ERCC-00085 LN:828 @SQ SN:ERCC-00086 LN:1012 @SQ SN:ERCC-00092 LN:1108 @SQ SN:ERCC-00095 LN:513 @SQ SN:ERCC-00096 LN:1091 @SQ SN:ERCC-00097 LN:506 @SQ SN:ERCC-00098 LN:1126 @SQ SN:ERCC-00099 LN:1344 @SQ SN:ERCC-00104 LN:2013 @SQ SN:ERCC-00108 LN:1005 @SQ SN:ERCC-00109 LN:520 @SQ SN:ERCC-00111 LN:978 @SQ SN:ERCC-00112 LN:1120 @SQ SN:ERCC-00113 LN:825 @SQ SN:ERCC-00116 LN:1977 @SQ SN:ERCC-00117 LN:1120 @SQ SN:ERCC-00120 LN:520 @SQ SN:ERCC-00123 LN:1006 @SQ SN:ERCC-00126 LN:1111 @SQ SN:ERCC-00130 LN:1051 @SQ SN:ERCC-00131 LN:755 @SQ SN:ERCC-00134 LN:257 @SQ SN:ERCC-00136 LN:1025 @SQ SN:ERCC-00137 LN:521 @SQ SN:ERCC-00138 LN:1005 @SQ SN:ERCC-00142 LN:478 @SQ SN:ERCC-00143 LN:767 @SQ SN:ERCC-00144 LN:521 @SQ SN:ERCC-00145 LN:1024 @SQ SN:ERCC-00147 LN:1007 @SQ SN:ERCC-00148 LN:478 @SQ SN:ERCC-00150 LN:727 @SQ SN:ERCC-00154 LN:521 @SQ SN:ERCC-00156 LN:478 @SQ SN:ERCC-00157 LN:1003 @SQ SN:ERCC-00158 LN:1012 @SQ SN:ERCC-00160 LN:727 @SQ SN:ERCC-00162 LN:507 @SQ SN:ERCC-00163 LN:527 @SQ SN:ERCC-00164 LN:1007 @SQ SN:ERCC-00165 LN:856 @SQ SN:ERCC-00168 LN:1007 @SQ SN:ERCC-00170 LN:1007 @SQ SN:ERCC-00171 LN:489 @SQ SN:SIRV1 LN:12643 @SQ SN:SIRV10001 LN:9941 @SQ SN:SIRV10002 LN:10001 @SQ SN:SIRV10003 LN:9970 @SQ SN:SIRV12001 LN:12029 @SQ SN:SIRV12002 LN:11999 @SQ SN:SIRV12003 LN:12000 @SQ SN:SIRV2 LN:6911 @SQ SN:SIRV3 LN:10943 @SQ SN:SIRV4 LN:16122 @SQ SN:SIRV4001 LN:3997 @SQ SN:SIRV4002 LN:3999 @SQ SN:SIRV4003 LN:4001 @SQ SN:SIRV5 LN:14606 @SQ SN:SIRV6 LN:12837 @SQ SN:SIRV6001 LN:6000 @SQ SN:SIRV6002 LN:6000 @SQ SN:SIRV6003 LN:6000 @SQ SN:SIRV7 LN:148957 @SQ SN:SIRV8001 LN:8001 @SQ SN:SIRV8002 LN:8000 @SQ SN:SIRV8003 LN:8000 @PG ID:minimap2 PN:minimap2 VN:2.22-r1101 CL:minimap2 --MD -x splice -t 12 --secondary=no -L -a genomes/dr11.sorted.fa fastqs/ONT_Pre_0+_28hpf-TSORep1.fastq.gz @PG ID:samtools PN:samtools PP:minimap2 VN:1.13 CL:samtools view -H /scratch/97757457.1.rg-el7/5146ffa9-55b0-41f5-88f1-7cec48792401 @PG ID:samtools.1 PN:samtools PP:samtools VN:1.13 CL:samtools sort -T /scratch/97757457.1.rg-el7 --threads 12 -m 5G - @PG ID:samtools.2 PN:samtools PP:samtools.1 VN:1.13 CL:samtools view -H output/mappings/longReadMapping/ONT_Pre_0+_28hpf-TSORep1.bam @PG ID:samtools.3 PN:samtools PP:samtools.2 VN:1.13 CL:samtools view -b /scratch/97767686.1.short-centos79/6768db93-f9f2-477b-9c45-10fe12b629f8 chr1chr10Cchr11% chr12xchr13Kchr14#chr15 chr16LKchr17l/chr18v chr19Hchr25 chr204NJchr21chr22Uchr23Pchr24chr25c<<chr3chr4chr5DRchr6륗chr7umchr8<chr9F]chrM@ ERCC-00002 ERCC-00003 ERCC-00004 ERCC-00009 ERCC-00012 ERCC-00013 ERCC-00014 ERCC-00016B ERCC-00017a ERCC-00019s ERCC-00022 ERCC-00024 ERCC-00025 ERCC-00028` ERCC-00031b ERCC-00033 ERCC-00034 ERCC-00035Z ERCC-00039 ERCC-00040 ERCC-00041a ERCC-00042 ERCC-00043 ERCC-00044} ERCC-00046 ERCC-00048 ERCC-00051 ERCC-00053 ERCC-00054 ERCC-00057 ERCC-00058` ERCC-00059 ERCC-00060 ERCC-00061` ERCC-00062 ERCC-00067t ERCC-00069a ERCC-00071r ERCC-00073K ERCC-00074 ERCC-00075 ERCC-00076r ERCC-00077 ERCC-00078 ERCC-00079t ERCC-00081 ERCC-00083 ERCC-00084 ERCC-00085< ERCC-00086 ERCC-00092T ERCC-00095 ERCC-00096C ERCC-00097 ERCC-00098f ERCC-00099@ ERCC-00104 ERCC-00108 ERCC-00109 ERCC-00111 ERCC-00112` ERCC-001139 ERCC-00116 ERCC-00117` ERCC-00120 ERCC-00123 ERCC-00126W ERCC-00130 ERCC-00131 ERCC-00134 ERCC-00136 ERCC-00137  ERCC-00138 ERCC-00142 ERCC-00143 ERCC-00144  ERCC-00145 ERCC-00147 ERCC-00148 ERCC-00150 ERCC-00154  ERCC-00156 ERCC-00157 ERCC-00158 ERCC-00160 ERCC-00162 ERCC-00163 ERCC-00164 ERCC-00165X ERCC-00168 ERCC-00170 ERCC-00171SIRV1c1 SIRV10001& SIRV10002' SIRV10003& SIRV12001. SIRV12002. SIRV12003.SIRV2SIRV3*SIRV4> SIRV4001 SIRV4002 SIRV4003SIRV59SIRV6%2 SIRV6001p SIRV6002p SIRV6003pSIRV7E SIRV8001A SIRV8002@ SIRV8003@