BAMf @HD VN:1.6 SO:coordinate @SQ SN:ND1 LN:966 @SQ SN:ND2 LN:1052 @SQ SN:COX1 LN:1552 @SQ SN:COX2 LN:694 @SQ SN:ATP8 LN:217 @SQ SN:ATP6 LN:691 @SQ SN:COX3 LN:794 @SQ SN:ND3 LN:356 @SQ SN:ND4L LN:307 @SQ SN:ND4 LN:1388 @SQ SN:ND5 LN:1822 @SQ SN:ND6 LN:535 @SQ SN:CYTB LN:1151 @SQ SN:RNR1-12S LN:964 @SQ SN:RNR2-16S LN:1559 @SQ SN:mtAla-TGC-1 LN:126 @SQ SN:mtArg-TCG-1 LN:122 @SQ SN:mtAsn-GTT-1 LN:130 @SQ SN:mtAsp-GTC-1 LN:125 @SQ SN:mtCys-GCA-1 LN:123 @SQ SN:mtGln-TTG-1 LN:129 @SQ SN:mtGlu-TTC-1 LN:126 @SQ SN:mtGly-TCC-1 LN:125 @SQ SN:mtHis-GTG-1 LN:126 @SQ SN:mtIle-GAT-1 LN:126 @SQ SN:mtLeu-TAA-1 LN:132 @SQ SN:mtLeu-TAG-1 LN:128 @SQ SN:mtLys-TTT-1 LN:127 @SQ SN:mtMet-CAT-1 LN:125 @SQ SN:mtPhe-GAA-1 LN:128 @SQ SN:mtPro-TGG-1 LN:125 @SQ SN:mtSer-GCT-1 LN:116 @SQ SN:mtSer-TGA-1 LN:126 @SQ SN:mtThr-TGT-1 LN:123 @SQ SN:mtTrp-TCA-1 LN:125 @SQ SN:mtTyr-GTA-1 LN:123 @SQ SN:mtVal-TAC-1 LN:126 @SQ SN:oligo3 LN:90 @SQ SN:oligo5 LN:72 @SQ SN:oligo5_oligo3 LN:54 @SQ SN:Ala-AGC-11 LN:130 @SQ SN:Ala-AGC-2 LN:129 @SQ SN:Arg-ACG-2 LN:130 @SQ SN:Arg-CCG-1 LN:130 @SQ SN:Arg-CCG-2 LN:130 @SQ SN:Arg-CCT-1 LN:130 @SQ SN:Arg-TCT-3 LN:130 @SQ SN:Arg-TCT-4 LN:131 @SQ SN:Asn-GTT-2 LN:131 @SQ SN:Asp-GTC-2 LN:129 @SQ SN:Cys-GCA-2 LN:129 @SQ SN:Gln-CTG-1 LN:129 @SQ SN:Glu-CTC-1 LN:129 @SQ SN:Glu-TTC-1 LN:129 @SQ SN:Gly-CCC-2 LN:128 @SQ SN:Gly-GCC-2 LN:128 @SQ SN:Gly-TCC-2 LN:129 @SQ SN:His-GTG-1 LN:129 @SQ SN:Ile-AAT-5 LN:131 @SQ SN:Ile-TAT-2 LN:131 @SQ SN:Leu-AAG-2 LN:139 @SQ SN:Leu-CAA-1 LN:140 @SQ SN:Leu-CAG-1 LN:140 @SQ SN:Leu-TAA-1 LN:140 @SQ SN:Lys-CTT-2 LN:130 @SQ SN:Lys-TTT-3 LN:130 @SQ SN:Met-CAT-4 LN:130 @SQ SN:Phe-GAA-1 LN:130 @SQ SN:Pro-AGG-2 LN:129 @SQ SN:SeC-TCA-1 LN:144 @SQ SN:Ser-AGA-2 LN:139 @SQ SN:Ser-CGA-4 LN:139 @SQ SN:Ser-GCT-4 LN:139 @SQ SN:Thr-AGT-1 LN:131 @SQ SN:Thr-CGT-2 LN:129 @SQ SN:Thr-CGT-5 LN:131 @SQ SN:Thr-TGT-2 LN:130 @SQ SN:Trp-CCA-3 LN:129 @SQ SN:Tyr-GTA-5 LN:130 @SQ SN:Tyr-GTA-9 LN:129 @SQ SN:Val-CAC-1 LN:130 @SQ SN:Val-TAC-1 LN:130 @SQ SN:iMet-CAT-1 LN:129 @SQ SN:5.8s LN:157 @SQ SN:28s LN:5070 @SQ SN:5s LN:121 @SQ SN:18s LN:1869 @PG ID:minimap2 PN:minimap2 VN:2.26-r1175 CL:minimap2 -t 8 -a -ax map-ont -k14 -y --MD mit_all_RNA_plus_cytoplasm.fa pod5---6.bc_1-filt.fastq.gz @PG ID:samtools PN:samtools PP:minimap2 VN:1.17 CL:samtools view -@ 8 -F4 -hSb - @PG ID:samtools.1 PN:samtools PP:samtools VN:1.17 CL:samtools cat -@ 1 -o pod5---bc_1_cat.bam pod5---6.bc_1.bam pod5---2.bc_1.bam pod5---4.bc_1.bam pod5---1.bc_1.bam pod5---5.bc_1.bam pod5---9.bc_1.bam pod5---3.bc_1.bam pod5---7.bc_1.bam pod5---8.bc_1.bam @PG ID:samtools.2 PN:samtools PP:samtools.1 VN:1.17 CL:samtools sort -@ 8 -o pod5---bc_1_s.bam pod5---bc_1_cat.bam WND1ND2COX1COX2ATP8ATP6COX3ND3dND4L3ND4lND5ND6CYTB RNR1-12S RNR2-16S mtAla-TGC-1~ mtArg-TCG-1z mtAsn-GTT-1 mtAsp-GTC-1} mtCys-GCA-1{ mtGln-TTG-1 mtGlu-TTC-1~ mtGly-TCC-1} mtHis-GTG-1~ mtIle-GAT-1~ mtLeu-TAA-1 mtLeu-TAG-1 mtLys-TTT-1 mtMet-CAT-1} mtPhe-GAA-1 mtPro-TGG-1} mtSer-GCT-1t mtSer-TGA-1~ mtThr-TGT-1{ mtTrp-TCA-1} mtTyr-GTA-1{ mtVal-TAC-1~oligo3Zoligo5Holigo5_oligo36 Ala-AGC-11 Ala-AGC-2 Arg-ACG-2 Arg-CCG-1 Arg-CCG-2 Arg-CCT-1 Arg-TCT-3 Arg-TCT-4 Asn-GTT-2 Asp-GTC-2 Cys-GCA-2 Gln-CTG-1 Glu-CTC-1 Glu-TTC-1 Gly-CCC-2 Gly-GCC-2 Gly-TCC-2 His-GTG-1 Ile-AAT-5 Ile-TAT-2 Leu-AAG-2 Leu-CAA-1 Leu-CAG-1 Leu-TAA-1 Lys-CTT-2 Lys-TTT-3 Met-CAT-4 Phe-GAA-1 Pro-AGG-2 SeC-TCA-1 Ser-AGA-2 Ser-CGA-4 Ser-GCT-4 Thr-AGT-1 Thr-CGT-2 Thr-CGT-5 Thr-TGT-2 Trp-CCA-3 Tyr-GTA-5 Tyr-GTA-9 Val-CAC-1 Val-TAC-1 iMet-CAT-15.8s28s5sy18sM